După unirea Principatelor, repetatele încercări ale unor ierarhi şi ale Sinodului General al Bisericii Ortodoxe Române au dus în cele din urmă la deschiderea oficială a Facultăţii de Teologie, la data de 12 nov. 1881. Abia în anul 1890, Legea privind Facultatea de Teologie din Bucureşti, publicată în Monitorul Oficial, nr. 74, din ziua de marţi 3/15 iul. 1890, recunoştea înfiinţarea acestei Facultăţi. Textul legii era următorul:
Articol unic. Pe lângă cele patru Facultăţi, prevăzute prin art. 249 din Legea Instrucţiunii Publice, se recunoaşte ca făcând parte din Universitatea din Bucureşti şi Facultatea de Teologie, având aceleaşi drepturi şi prerogative ca şi celelalte facultăţi şi supusă la aceleaşi îndatoriri
O altă etapă în istoria acestui for de cultură a fost determinată de noua situaţie politică, care a schimbat cadrul juridic. Decretul nr. 177 privind regimul general al cultelor religioase din România, publicat în Monitorul Oficial, nr. 178 din ziua de 4 aug. 1948, în art. 54 prevede că:
„Facultatea de Teologie din Bucureşti se transformă în Institut Teologic de grad Universitar, iar personalul didactic şi administrativ, împreună cu prevederile bugetare respective, trec de la învăţământul public la Ministerul Cultelor„
Deschiderea oficială a cursurilor noului Institut Teologic a avut loc la 30 ian. 1949. A primit mai întâi ca sediu clădirea fostului Seminar Central iar, apoi, în oct. 1949, clădirea fostei Şcoli normale, de pe strada Sfânta Ecaterina, nr. 2.
Odata cu anul universitar 1991-1992, Facultatea a revenit în Universitate. Protocolul încheiat între Ministerul Învăţământului şi Ştiinţei, Secretariatul de Stat pentru Culte şi Patriarhia Româna, privind includerea învăţământului teologic superior în cadrul Universităţilor de Stat, la data de 30-31 mai 1991, prevedea la art. 2 că:
„Institutele Teologice de grad Universitar din Bucureşti, Sibiu şi Iaşi devin Facultăţi de teologie în cadrul Universităţilor de Stat din oraşele respective, începând cu anul universitar 1991-1992”
Au urmat o serie de transformări. Potrivit aceluiaşi protocol, se stipula, conform Art. 1, înfiinţarea de noi specializari: Teologie Litere şi Teologie Asistenţă socială. Din anul 1995 au fost înfiinţate alte două noi specializări: Teologie Patrimoniu Cultural şi Teologie Limbi Clasice: Greacă şi Latină. Din anul 1996, o altă specializare: Teologie Pictură Bisericească.
Începând cu anul universitar 2005-2006, structura învăţământului teologic universitar a fost schimbată conform cerinţelor aderării României la Comunitatea Europeană şi potrivit principiilor Chartei de la Bologna. Astfel, studiile au fost organizate pe un singur domeniu, acela al teologiei ortodoxe, cu patru specializari: Teologie pastorală, Teologie didactică, Teologie socială, Artă sacră, pe o durata de 3 ani – licenţa, 2 ani – master şi 3 ani – doctorat. Protocolul preciza, la Art. 4, că cifra de şcolarizare va fi stabilită pentru Specializarea de Teologie Pastorală de către Patriarhia Română, iar pentru dubla specializare de către Patriarhie şi Instituţia de învăţământ superior. De asemenea, se stipula:
„… participarea studentilor teologi la programul liturgic fixat de Biserică pentru Facultatile de Teologie ramâne o componentă indispensabilă a programului de formare teologică şi, deci, obligatoriu”