Facultatea de Teologie Ortodoxă Patriarhul Justinian funcţionează în cadrul Universităţii din Bucureşti şi se află sub o dublă subordonare, a Bisericii şi a Ministerului Educaţiei Naționale. Prea Fericitul Părinte Patriarh DANIEL, în calitate de Arhiepiscop al Bucureştilor, conduce din punct de vedere bisericesc Facultatea de Teologie Ortodoxă. Structurile de conducere şi cadrele didactice funcţionează cu binecuvântarea Prea Fericirii Sale.